科学技术已成为国家发展乃至国际间竞争中的关键因素之一,高校是进行科技研究和创新活动的重要力量,随着政府对高校科研经费投入力度的不断加大,各高校的科研经费支出也越来越多,但管理的相对滞后使科研经费使用过程中暴露出的问题也越来越多,近几年高校不断发生的科研经费违法违纪和贪污腐败案件,已经引起了政府和社会公众的极大关注。在现实中我国部分高校存在科研项目负责人不熟悉科研管理制度,不理解经费使用的有关规定;一些项目小组更关注准备项目、申报项目、争取资金,而对申报阶段的预算编制随意性大;学校主管部门各自为政,如科研处只负责组织科研人员进行项目申报和立项,不关心经费的管理情况,财务处只负责简单的报销审核,遇到不符合预算的经费支出没有做到严格审核等现象。本文从部分高校科研经费的现状出发,分析产生上述现象的主要原因和动机,认为监督不力、管理不到位和财务科研等各部门之间缺乏有效的沟通是产生科研经费使用不合理、不规范的主要诱因。同时,本文还通过文献的研究,从理论角度分析了国内高校科研经费内部控制现状以及存在的问题,在总结国外先进国家的科研经费管理经验的基础上,提出了高校科研经费内部控制的要求,主要是增强高校的内控意识,提高项目负责人的自控意识和规范意识,严格编制和执行项目预算,确保各项支出有章可循;建立各部门之间的沟通协作机制;发挥专业优势,实施科研经费的全流程管理等,这些建议具有较强的针对性,可以有效的规范高效科研经费的使用,防止乱用、套取甚至违规使用各类经费,保障我国高校科研经费合理使用和科研项目的顺利进行。同时,本文还以J高校的科研经费的实际使用情况作为案例,认真搜集分析了J高校科研经费的相关文件资料和数据,对该校科研经费使用过程中存在的问题进行了剖析,提出了相应的对策和建议,以期规范J高校科研经费的管理,达到提高科研经费的使用效率,促进J高校的科研事业顺利发展的目标。