本研究围绕番茄生产上日益严重的灰叶斑病和颈腐根腐病,开展主要抗病基因分子标记的研究。以已知抗病基因型的番茄种质资源为实验材料,参考与Sm基因紧密连锁的RFLP标记序列设计特异引物,对PCR扩增产物进行序列分析寻找酶切位点,创建了一个新的与抗病基因Sm紧密连锁的CAPS标记“T280”;参考相关文献设计特异性引物进行PCR扩增,筛选获得了一个与抗病基因Frl紧密连锁的SCAR标记“SCAR200”。在此基础上,建立了两个同时检测两种抗病基因的双重PCR技术体系,并将上述分子标记及双重PCR技术应用于抗病种质资源的鉴定与筛选。（1）创建了1个与灰叶斑病抗病基因Sm紧密连锁的共显性CAPS标记,命名为T280。引物序列为T280 F（5’-TAG ATG ATG GTC AAG CTG TAG ATA TAA GG-3’）和T280 R（5’-TTC TGC AGA AGG CAT TGC AGG GCC AA-3’）。PCR扩增所有材料均得到1条片段大小为655 bp特异条带,Mme I酶切后抗病纯合型材料仍保留1条655 bp大小特异条带,感病纯合型材料产生2条片段大小为206 bp和449 bp特异条带,抗病杂合型材料产生3条片段大小为206 bp、449 bp和655 bp特异条带。验证结果表明该标记稳定可靠,可用于分子标记辅助育种。（2）筛选获得了1个与颈腐根腐病抗病基因Frl紧密连锁的分子标记,即SCAR200。引物序列为SCAR200F（5’-TCG GTC CAA ATT CAC TTC AA-3’）和SCAR200R（5’-ACT CCT CCA CTT GCA TAC CC-3’）。PCR扩增结果显示抗病纯合材料得到1条290 bp大小特异条带,感病纯合材料得到1条340 bp大小特异条带,抗病杂合材料得到2条片段大小为290 bp和340 bp特异条带,是一个共显性SCAR标记。（3）在单一基因分子标记基础上,通过优化引物比例、退火温度和DNA模板量等反应体系和条件,建立了同时检测抗病基因Sm和Frl双重PCR技术体系及同时检测抗病基因Mi和Frl双重PCR技术体系。双重PCR扩增结果表现出单引物扩增结果的叠加,酶切结果与单一PCR酶切结果相同。建立的双重PCR技术体系,可以同时检测灰叶斑病和颈腐根腐病、或者根结线虫病和颈腐根腐病两种抗病基因,大大降低检测成本,显著提高检测效率。（4）利用创建的抗病基因分子标记对98种番茄种质材料抗病基因型进行了初步鉴定,筛选出抗灰叶斑病纯合基因型材料25种、抗颈腐根腐病纯合基因型材料54种。利用同时检测两种抗病基因的双重PCR技术体系,进一步筛选获得14种兼抗灰叶斑病和颈腐根腐病的抗病纯合基因型材料、24种兼抗根结线虫病和颈腐根腐病的抗病纯合基因型材料以及7种兼抗灰叶斑病、根结线虫病和颈腐根腐病三种病害的抗病纯合基因型材料。建立的灰叶斑病和颈腐根腐病抗病基因分子标记,以及同时检测两种抗病基因的双重PCR技术体系,为今后番茄抗病育种工作提供了技术支撑。筛选获得的抗病种质资源材料为进一步培育多抗、优质的番茄新品种奠定了坚实的物质基础。