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HIV-1最显著的特征是其高度的变异性,高变异性是HIV-1疫苗研究巨大的障碍,也是艾滋病无法治愈的根本原因。北京市自1985年报道我国首例艾滋病病例以来,截至2010年累计报道8570例艾滋病病毒感染者和病人,其中性传播4277例(49.91%),异性传播1732例(20.21%),男男同性(简称男同,下同)传播2545例(29.70%),静脉吸毒传播2216例(25.86%),外省输血传播444例(5.18%),外省单采浆传播316例(3.69%),母婴传播69例(0.80%),传播途径不详1248例(14.56%)。目前北京市的艾滋病疫情处于快速增长期,传播途径中性传播,特别是男同传播,所占比例快速上升,性传播比例从2006的41.4%上升到2010年的87.4%,男同传播从2006年的22.8%上升到2010年的58.9%。为了研究北京市HIV-1的流行特征,本文对北京市2006-2010年新发现的HIV-1感染者进行了遗传多样性和耐药性本底研究,对B’/C重组型毒株做了gag-pol区基因特征分析；同时我们还分析我国2002-2010年CRF01_AE毒株gαg基因特征,并尝试用贝叶斯合并理论方法重建了我国CRF01_AE流行史。HIV-1遗传多样性研究发现北京市是一个多亚型共流行的地区,成功扩增出604例标本中存在A1、A2、B、B’、C、D、G、h、CRF01_AE、CRF02_AG、CRF06_cpx、CRF07_BC、 CRF08_BC和B’/C14种亚型和重组型(简称亚型,下同),所占比例依次为0.33%、0.17%、19.54%、12.09%、2.32%、0.17%、0.33%、0.17%、34.27%、0.83%、0.17%、26.66%、1.99%和0.99%,CRF01_AE、CRF07_BC、B和B’亚型为主要亚型,合计占92.5%；异性传播途径中存在13种亚型,主要是CRF01_AE(31.7%)、B’亚型(19.7%)和CRF07_BC(18.0%),男同传播途径中存在6种亚型,主要是CRF01_AE(50.8%)、B亚型(32.4%)和CRF07_BC(12.4%)；静脉吸毒传播存在8种亚型,主要是CRF07_BC(82.9%);血液传播主要是B’亚型(95.5%)；1例母婴传播为CRF01_AE,B和B’亚型比重总体上处于下降的趋势,CRF01_AE稳步上升,CRF07_BC先下降而后又快速上升。北京流行的CRF07_BC具有较高的遗传同源性,似乎起源于共同的祖先,进化簇内的序列交错分布,没有地域、民族和样本采集时间相关的聚集倾向,仅在某些氨基酸位点上表现出与地域和传播途径相关联的氨基酸组成差异；重组断点分析发现36条CRF07_BC和2条CRF08_BC gag-pol基因序列同参考株的重组断点基本一致,表明北京的CRF07_BC和CRF08_BC没有发生进一步重组；发现1例新的B’/C重组型。HIV-1耐药本底研究显示368例未治疗HIV-1感染者中存在B、B’、C、CRF01_AE、 CRF02_AG、CRF06_cpx、CRF07_BC、CRF08_BC和B’/C9种亚型,所占比例依次为25.8%、16.8%、2.2%、32.6%、0.3%、0.3%、19.0%、2.2%和0.8%；总的耐药率为6.0%,蛋白酶抑制剂、核苷类逆转录酶抑制剂和非核苷类逆转录酶抑制剂的耐药率分别为3.0%、1.6%和1.9%；异性、男同和静脉吸毒传播的耐药率分别为2.0%、9.5%和2.2%；B、B’、CRF01_AE和CRF07_BC的耐药率分别为3.2%、8.1%、10.0%和0%；41-59岁年龄组耐药率为10.0%,20-40岁为5.5%,<20岁和>60岁未检测出耐药突变；2006-2010年问年度耐药率分别为5.9%、8.1%、6.4%、3.4%和2.6%；本研究是北京市首次大样本量HIV-1耐药本底研究,其中有57.3%的毒株是非B亚型,提供了非B亚型耐药的资料,结果显示北京市未治疗的HIV-1感染者耐药突变处于较低的水平,男同人群、B’亚型和CRF01_AE耐药率较高。系统进化分析表明我国CRF01_AE具有较高的遗传异质性,进化树上存在4个主要的亚簇,亚簇1包含141例样本,占全部序列的48.1%,72.3%的病例为男同传播；亚簇2包含23例样本,占全部序列的7.8%；亚簇3内包括32例样本,占全部序列的10.9%；亚簇4内包含78例样本,占全部序列的26.6%,67.9%的病例为男同传播。亚簇1、2和4内无其它国家的序列,亚簇3同泰国的CRF01_AE毒株关系密切。运用贝叶斯合并理论分别计算4个亚簇的最近共同祖先株形成时间(time to the most recent common ancestor,tMRCA),亚簇1传入我国不同地区的时间在1990年到2003年之间；亚簇2几乎同时在1998年左右传入华北和中南地区；亚簇3大约在1998年传入东北地区；亚簇4大约在1995年左右起源于东北,1998年前后传入华北。本研究首次观察到我国CRF01_AE病毒株存在4个主要亚簇,表明我国的CRF01_AE可能至少有4个的病毒株来源,其中1个与泰国株密切相关;亚簇1和亚簇4合计占全部序列的74.7%,是我国CRF01_AE优势毒株,表明这两个亚簇内的毒株具有一定传播优势。