国有企业作为一种特殊企业的存在形式，具有现代企业制度的基本特征，但国有企业不同于一般企业，在国有经济中居于特殊地位，发挥特殊作用。本文从国有企业公司治理政府行为和效应出发，分析了政府在国有企业的制度创新行为，认为政府行为变迁是一场政府与社会公众行为主体之间的博弈行为，是一种所有社会行为主体之间的互动行为；建立了政府对国有企业公司治理的效应函数和国有企业公司治理中政府效用函数的约束模型，提出了政府权力是构成有效产权安排和经济发展的一个必要条件；构建了政府效用函数正向约束的双向扩展模型，认为政府效用函数实质上是租金函数和效率函数的综合函数，其变量结构和变量权重具有阶段性，其一般规律是租金偏好向效率偏好转移和优化的过程；分析了政府的二元结构效用函数，认为政府效用函数可以分解成租金偏好效用函数和效率偏好效用函数，政府效用函数事实上是上述两种效用函数耦合而成的综合效用函数，由于政府和国有企业经营者的租金偏好效用函数耦合到政府效用函数，强化了政府效用函数的租金偏好导向。政府主导型国有企业公司治理强化了国有企业对政府职能的替代，形成了国有企业的“制度性功能越位”。本文通过对国有企业公司治理的董事会特征分析和研究，发现董事会规模与公司绩效呈负相关；董事会结构影响其决策的质量，环境的不确定性、公司发展是影响董事会结构多样性的主要变量；董事会构成与公司绩效不存在显著关系，董事会构成可能是个内生变量；良好的决策信息网络系统有利于在公司和董事会之间提供一条低成本的交流通道，有利于提高决策的效率和效果，有利于增加董事会治理行为的有效性；前向神经网络训练是一种有效监督的学习，通过已知样本数据估计实际系统的输入输出关系，具有很强的函数拟合能力。本文通过前向神经网络训练，构建了董事会决策有效性的前向神经网络模型。在国有企业公司治理中，经营者的选择十分重要，董事会与企业经营者之间的关系核心是剩余控制权和索取权的研究，本文认为完善的职业经理市场可以促进国有企业经营者提高其最优努力水平。报酬契约结构可以为国有企业董事会和职业经理人双方带来更高的收益，可以为董事会选择与监管国有企业职业经理人提供更多的手段，使职业经理人的努力水平维持稳定。本文从相对业绩和隐性激励机制出发，分析了相对业绩对不同国有企业经营者的选择激励机制，构建了基于相对业绩比较的隐性选择模型，研究结果表明：相对业绩比较信息能改善福利水平，能使国有企业经营者的努力水平接近一级最优。在国有企业中，董事会和企业经营者通过国有企业形成利益共同体，但双方又有各自不同的目标函数，在设计合理选择机制中，董事会能找到合适的国有企业经营者，国有企业经营者也能实现自己人力资本收益的最大化，从而形成企业经营者竞争选择的博弈均衡和较好的选择激励效果。董事会通过行为监督可以获得许多关于国有企业经营者的信息，以加强监督力度，防范道德风险，但董事会必须选择投入适宜的监督成本，以期实现其收益最大化或总代理成本最小化。对国有企业大股东与董事会特征行为有效性、有色国有上市公司董事会制度行为有效性进行了实证研究。研究发现：第一大股东持股比例与任职于控股股东的董事、经理董事和双重兼职董事的比例显著正相关，与总经理兼职第一大股东虚拟变量显著负相关；由于国有资产产权主体的“虚置”，拥有董事选择权的国资管理部门或上级主管部门没有动力和积极性去选择能胜任的董事并对经营层情况进行监督。