背景和目的 重症感染患者病情重,容易进展为多脏器功能衰竭,是ICU患者发病和死亡的主要原因。如何降低感染患者的死亡率,早期识别病原体是关键。但作为金标准的培养法阳性率低,很难满足临床需要。通过收集近2年我院ICU患者病原微生物学检测报告,分析比较宏基因组测序（mNGS）与传统检测手段对重症感染患者病原体诊断的差异,总结宏基因组测序在临床应用中的相关经验。方法 对2017年11月至2019年11月入住上海交通大学附属第一人民医院监护室、拟诊感染性疾病的患者行单中心、回顾性、观察性研究,收集相关临床资料,分析比较mNGS与传统培养法在病原体检出率的差异;比较mNGS与传统微生物检测诊断性能的差异;利用mNGS无偏移检出病原体的优势,比较不同亚组间患者常见病原体检出率及临床结局指标的差异;根据无菌样本mNGS检测结果,将患者分成病毒核酸检出组与病毒核酸未检出组,比较两组患者相关临床指标的差异。结果1.mNGS对耶氏肺孢子菌、分枝杆菌、曲霉菌和苛养菌的检出率明显高于传统培养法,许多苛养菌、厌氧菌仅能由mNGS检出。2.无论是mNGS或是传统检测方法,两者与临床诊断结果的一致性均较低,故对患者进行病原学诊断时,仍需结合患者的流行病史、症状体征、化验报告、影像提示及其他临床信息。3.根据患者年龄、性别、免疫状态、是否合并糖尿病将患者分为两组,两组患者间常见病原体检出率和临床结局指标有统计学差异。4.早期送检mNGS组患者的住院天数和ICU入住天数较晚期送检组更短。5.外周血mNGS病毒检出组患者呼吸机支持时间更长、红细胞与血小板输注率更高;肺泡灌洗液mNGS病毒检出组患者死亡率、气切率、CRRT率、血制品输注率更高;脑脊液mNGS病毒检出组患者呼吸机支持时间更长。结论 mNGS诊断苛养菌有明显优势,mNGS与传统法的诊断性能均不理想,不同亚组人群感染的常见病原体和临床结局不同。早期送检mNGS可能对患者有利。无菌样本mNGS病毒核酸检测阳性可能与患者临床不良预后相关,需要临床医护人员额外关注。