棉花(Gossypium L.)是我国主要的纤维作物，也是第五大油料作物。棉花主要产品纤维是纺织业的重要原料，也是必需的生活物资。因此，进行棉花功能基因的研究显得尤为必要。突变体是开展植物功能基因组学研究中的重要材料，利用Genetrap系统构建植株表达载体，借助农杆菌进行T-DNA的插入是创制突变体的有效策略。T-DNA标签的插入不仅扰乱了植物自身基因的正常表达，而且该“标签”序列已知，使得可以相对简单、快捷的分离被破坏的基因序列，然后进行该基因的功能研究。同时，转Bt棉花的长时间使用使得昆虫对其产生一定的抗性，获得更多的Bt棉材料或多价Bt棉材料显得尤为重要。　　创制突变体利用Promoter trap系统构建遗传转化载体，借助农杆菌进行遗传转化，创造棉花突变体材料。然后检测不同转化株表达模式、拷贝数，分离其侧翼序列，分析T-DNA整合位点，获得该位点生物信息，结合突变株表型进行该基因的功能研究。创造转Bt棉花材料和获得Free-marker转基因棉花利用双T-DNA载体系统。为了验证双T-DNA载体系统在棉花中的实用性及能够获得抗虫棉花转基因材料，本研究通过构建双T-DNA植物表达载体，以新霉素磷酸转移酶(nptⅡ)为标记基因，利用农杆菌进行棉花遗传转化，使用卡拉霉素(Kan)筛选，获得转基因棉花。实验主要获得以下结果:　　(1)目前已获得Promoter trap T0转化株1000余株，67.47％转化进行PCR检测为阳性株;已收获800余份后代种子。Southem杂交结果表明，单拷贝占到50.56％，平均每个转化株含有1.83个T-DNA标签。　　(2)利用FPNI-PCR技术分离棉花T-DNA标签侧翼序列，依赖左边界分离的侧翼序列有274条，其中152条定位到棉花基因组上，定位率为55.47％;依赖右边界分离的侧翼序列有336条，其中193条定位到棉花基因组上，定位率为57.44％。　　(3)研究T-DNA侧翼序列在棉花基因组中转移特点发现，在右边界插入整合过程中，极易保留右边界重复序列3bp，从腺嘌呤(A)处剪接，占到总数的23.51％。总体来说，T-DNA末端整合多从A或T碱基处剪接，左边界缺失程度重于右边界。　　(4)研究T-DNA侧翼序列在棉花基因组中分布特点得出，T-DNA侧翼序列对A、D亚基因组没有显著的偏好性，T-DNA偏好整合到基因区与转座因子区，在TE区中偏好整合到LTR转座因子区域中。　　(5)以pCAMBIA2300S为基础载体，以pBI121载体中的“Nos-T-DNA-LB”为模板，设计特异引物，在引物两端分别加上合适的酶切位点及在左边界端加上T-DNA区右边界重复序列，经PCR扩增获得“Nos-LB-RB”的DNA片段，用T4酶连接重组，获得含有双T-DNA的重组中间载体pCAMBIA2300SDT。　　(6)在pCAMBIA2300SDT重组中间载体基础上，分别以mGFP5*/cry1C*基因为模板设计引物，添加合适的酶切接头，经T4酶重组连接获得含有mGFP5*/cry1C*基因的双T-DNA表达载体。