随着各级监察委员会的组建,留置措施在严重违纪违法涉嫌职务犯罪案件调查中被广泛使用。留置期间折抵刑期实践中面临的困境即对留置期间折抵刑期的合理性的质疑和各种具体实践问题的困惑,客观、广泛存在。留置期间折抵刑期是留置措施在反腐败斗争中发挥作用的需要,是留置期间折抵刑期自身价值实现的需要,是司法领域人权保障的客观要求。留置措施的功能和性质与其它羁押措施是相似的,都是保证调查活动顺利开展的强制措施,因此留置期间与“先行羁押”期间是同质的,是符合刑期折抵制度理论模型要求的,而且留置期间折抵刑期除具有刑期折抵的一般价值还具有其特殊价值。当前,留置期间折抵刑期实践中存在人为轻罪实刑化、人为拉动轻微犯罪自由刑适用、人为拉动有罪判决或重刑适用、损害刑罚功能发挥和刑罚目的实现不足。为解决以上不足,基于对留置期间折抵刑期的合理规制,衡平刑期折抵价值实现与刑罚功能发挥,应建立监察委审理部门、执纪审查部门(专案组)、案件监督管理部门三方参与的留置措施必要性审查机制;在《监察法》第四十四条留置期间折抵刑期条款后,增加但书条款,规定:“但依法应当判处缓刑或者宣告无罪时除外。”;在《监察法》第四十四条增加补充条款,规定:“贪污贿赂犯罪所判有期自由刑不足折抵先行留置期间的,应当不予折抵,将留置期间按照比例抵减并处的罚金或没收的财产。”通过以上制度机制创新和立法规制完善来解决留置期间折抵刑期在实践中存在的不足。