MRPL15在上皮性卵巢肿瘤中的表达及作用初探:生物信息学及临床样本综合分析

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背景:卵巢癌是世界范围内第七大最常见的癌症和第八大最常见的女性癌症死亡原因,严重危害女性的生命健康。上皮性卵巢癌是其中最常见的一种类型,约占卵巢癌的85-90%。由于缺乏早期症状和敏感准确的检测方法,大部分患者确诊时已是晚期,这也导致了其较差的生存率。因此,持续探究卵巢癌诊断和预后的有效生物标志物是目前卵巢癌研究的主要方向之一。人类附睾蛋白4(Human epididymis protein 4,HE4)由WAP四二硫键核心域2基因编码,目前已经被广泛用于卵巢癌的早期筛查及诊断,其与CA125的联合使用可以提高诊断的敏感性和特异性。然而,HE4在卵巢癌中的具体作用机制尚不清楚。在前期的研究中,我们使用人类基因组学微阵列技术在人上皮性卵巢癌细胞系ES-2中筛选出了717个响应HE4的上调而上调的基因,进一步分析这些基因在卵巢癌中的表达及作用不仅有利于深入挖掘HE4在卵巢癌中的作用机制,还有可能发现上皮性卵巢癌的新兴诊断及预后生物标志物。线粒体核糖体蛋白(mitochondrial ribosomal proteins,MRPs)是线粒体核糖体的主要成分,主要参与线粒体DNA编码的氧化磷酸化复合体亚基的翻译。MRPs表达失调不仅会导致细胞代谢紊乱,而且,一些MRPs可作为凋亡诱导因子参与细胞凋亡的内在途径,从而在调节细胞生长和凋亡中发挥基础作用。越来越多的研究表明多种MRPs参与癌症的发生和进展。然而,MRPs在卵巢癌中的研究十分有限,探究其在卵巢癌中的表达及相关作用可以为卵巢癌的诊断、治疗及预后提供新的方向。因此,我们的研究旨在分析HE4相关的MRPs在卵巢癌中的表达及作用,并选择与卵巢癌的肿瘤发生和预后关系最密切的MRPL15进行进一步的临床样本验证及机制分析。目的:分析六种HE4相关MRPs在卵巢癌中的作用,并选择与卵巢癌的肿瘤发生和预后关系最密切的MRPL15进行进一步的分析。方法:使用STRING数据库和Cytoscape中的MCODE插件,在上皮性卵巢癌细胞中响应于HE4过表达而上调的基因中发现了六个MRPs。癌症基因组图谱(The Cancer Genome Atlas,TCGA)、基因组织表达(Genotype-Tissue Expression,GTEX)和Oncomine数据库用于分析六种MRPs在卵巢癌组织及正常卵巢组织之间的表达差异。TISIDB以及Kaplan-Meier Plotter在线网站分别用于分析MRPs的表达与卵巢癌患者FIGO分期、病理分级等临床病理指标及预后的关系。cBioPortal在线数据库用于评估这六种MRPs在卵巢癌的突变、扩增、缺失等变异情况。最终,选择MRPL15进行临床标本的免疫组织化学染色和基因表达综合(Gene Expression Omnibus,GEO)数据库的验证。TCGA中的甲基化及拷贝数变异数据用于分析MRPL15在卵巢癌中表达升高的原因。基因集富集分析(Gene Set Enrichment Analysis,GSEA)和Enrichr在线网站用于探索MRPL15在卵巢癌中的作用机制。最后,利用TCGA中的卵巢癌免疫分型数据和TISIDB在线网站分析了MRPL15表达与免疫亚型、肿瘤浸润淋巴细胞、免疫调节因子的关系。结果:我们筛选出了六个与卵巢癌中HE4表达升高相关的MRPs(MRPL10、MRPL15、MRPL36、MRPL39、MRPS16和MRPS31)。TCGA和GEO数据分析结果显示其中MRPL15在卵巢癌中的mRNA水平显著升高并且与患者较差的总生存期及无进展生存期显著相关。临床样本免疫组织化学染色分析结果表明,MRPL15的蛋白质表达水平在卵巢上皮性恶性肿瘤中显著增高并且与患者较晚的分期和较差的总生存期显著相关。机制分析表明,MRPL15在卵巢癌中的高表达可能与其扩增和低甲基化有关。通路分析结果发现,MRPL15可能通过细胞周期、DNA修复和m TOR 1信号传导等途径在卵巢癌中发挥作用。此外,我们还发现MRPL15在C3免疫分型卵巢癌中的表达最低,并且与CD8+T细胞和树突细胞的活化以及TGFβR1和IDO1的表达相关。结论:MRPL15可能是卵巢癌的预后指标和治疗靶点。由于其与HE4密切相关,本研究为HE4在卵巢癌中的机制研究提供了新的思路。
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