本文以脉红螺进食四个时期的唾液腺转录组数据为分析材料,选取其中在多个数据库中未被注释的序列,用相关生物学软件分析预测了序列的蛋白质功能和结构,以期为这些蛋白质的功能鉴定提供参考依据。取脉红螺饥饿阶段(S1)、捕食阶段(S2)、进食阶段(S3)及消化吸收阶段(S4)的唾液腺进行转录组测序,得到序列信息,以S1时期作为本底表达水平,将S2、S3、S4分别与S1进行比对,根据差异性表达标准,筛选出两样本差异性表达显著、且在Nr、Nt、Swissprot等数据库中均未被注释的序列作为研究序列,得到三组可分析序列(S1-S2、S1-S3、Sl-S4),共2925条。用多种生物信息学工具对这些序列进行筛选和预测分析,最终得到23条具有编码蛋白质能力的转录本序列,并对这些序列编码的蛋白质进行了功能和结构的预测。具体分析过程如下:从转录组中筛选出无注释信息且差异性表达的序列,用TransDecoder软件分析,得到其蛋白质编码区序列(codingsequence,CDS)和编码后的氨基酸序列。在2925条序列中,S1-S2读出406个有效CDS,S1-S3中读出257个CDS,S1-S4中读出337个CDS。需要指出的是,样本间的CDS有重复,有的是转录本序列在各样本间都存在差异表达,有的则是来自同一 Cluster不同Contig,但识别出的CDS重叠。用InterProScan5软件判断氨基酸序列的结构域和家族信息。对于长度小于150个氨基酸的蛋白质序列,仅使用InterProScan5软件进行分析;对于长度大于150个氨基酸的蛋白质序列,在InterProScan5基础上,采用在线预测工具进行蛋白质功能预测,其中S1-S2序列用Argot2、SIFTER、GoFDR、FFPred进行分析,S1-S3、S1-S4 序列用 Argot2、SIFTER、FFPred、ESG 和 PFP 进行分析。综合各个预测工具的功能预测结果,在S1-S2、S1-S3、S1-S4样本间,分别对10条、8条、5条有意义的蛋白质序列做功能整合分析,并用PSIPRED软件预测了蛋白质平面二级结构,用BioSerf软件预测了蛋白质3D立体二级结构。