高配位磷化学结构特别是五配位磷化学结构有两种的基本空间构型，四方锥和三角双锥。基于组内实验合成的五配位磷氨基酸晶体的四方锥(SP)和三角锥(TBP)的结构，以及大量五配位磷化学结构实验(其中包括氨基酸侧链参与形成五配位磷化学结构速率等动力学过程；五配位磷化学结构与六配位磷化学结构的互变异构化过程；N-磷酰化对α-、β-和γ-羧基活性差异的研究；外部pH，温度等环境因素对特定酶的影响过程等)的基础上，论文中设计了有中国自主知识产权的软件。论文详细介绍了五配位磷化学结构搜索软件的设计原理，搜索分析的规则与方法；同时还介绍了辅助软件含磷蛋白数据库的设计实现，包括设计原理框图与查询使用方法。 软件搜索的目标是国际蛋白数据库中可能形成五配位磷结构的含磷蛋白。利用自主编写的软件研究发现，目前国际蛋白质数据库(PDB库)收录的含磷的蛋白激酶中，有96％的含磷蛋白激酶在活化过程中可能经历了五配位磷化学过渡态或中间体。这一研究表明，五配位磷化学结构中间体是含磷蛋白，特别是含磷蛋白激酶活化的一个普遍过程。 利用五配位磷化学结构搜索软件，论文还分析了如下几类重要的含磷蛋白激酶：大肠杆菌的糖磷转移系统(PTS)；人类胸腺嘧啶盐激酶(DTMPK)；糖尿病和肥胖症有关蛋白酪氨酸激酶(PTP1B)。通过软件搜索分析得到了这些含磷蛋白有活化作用的位点。很多位点与文献报道符合很好，而部分位点则为首次发现。通过这些位点，进一步考察了它们可能存在的催化特性，保守特性等。这些位点的发现对抑制剂设计，疾病诊断等具有指导意义。 论文利用五配位磷化学结构分析的方法，分析了线性分子马达，旋转分子马达与磷物质作用的蛋白晶体。利用软件搜索的方法得到了不同分子马达的磷活化区(PhosphorousActivatedArea，PAA)的位点。研究发现不同分子马达的磷活化区中，能形成五配位磷化学中间体位点的氨基酸类型是高度保守的，这为揭示分子马达的动因及研究分子马达进化过程提供了新的研究方向。