随着生态文明建设的推进和国家审计职能认知的提升,我国资源环境审计在政府审计中的地位已经举足轻重,且处于不断发展的状态。开展资源环境审计符合国家可持续发展战略的总体要求,在建设“资源节约型、环境友好型”社会方面发挥巨大作用。以往较为严重的环境问题经过一段时间的专项治理,往往能获得缓解,得到较大改善,但由于产业结构调整、产业转移及密集发展加上交通更加快捷便利,环境污染已呈现出区域性和复合型的特征,仅由个别城市或者单个省份进行治理已逐渐丧失明显成效,影响治理效果的发挥。如我国长江经济带地区地势西高东低,一旦西部地区水资源受到污染,水环境遭到破坏,位于下游东部地区的生态环境、经济发展必将也会受到牵连。然而,即使东部地区无作为治理也会享受到西部地区水环境治理成果,但本就不发达的西部地区却没有得到足够的利益补偿,东西部地区的环境、经济差距愈加变大,矛盾升级不利于上下游地区协调发展。这加大了政府对于环境治理的紧迫性,促使党中央国务院加快对生态环境治理和生态文明制度建设的步伐。作为国家治理的重要手段,随着环境治理目标的提升和审计项目经验的积累,社会公众对审计提出更高的要求,期望资源环境审计关注到以往没有关注的领域中去。在此背景下,审计署深化审计理念,在“十二五”发展规划中提出,要重点探索符合我国国情的资源环境审计模式,使我国环境审计从单一、片面的环保资金、环保项目审计向全面、系统的区域环境审计发展。因此结合水资源的流动性以及环境治理的外部性、滞后性等特点研究跨区域的水资源环境审计是非常必要的。论文在协同治理理论和生态补偿理论的基础上,明确水资源环境治理主体的协调关系,考察水资源环境治理方面的项目实施、资金运行和政策落实的整体情况,进而探索新的水资源环境审计组织模式,完善跨区域性的水资源环境审计组织管理制度,满足可持续发展的治理要求。论文梳理了国内外区际治理和水资源环境审计的现状并阐述了相关的基础理论,探讨开展基于区际治理的水资源环境审计的可行性,由此构建了基于区际治理的水资源环境审计的目标,通过目标制定审计实施路径。再以长江经济带生态环境保护审计中水资源环境审计项目为例,简单介绍了长江经济带审计背景及审计实施情况,点出此次审计中存在的问题并分析存在问题的原因,再从审计理念、审计工作重点、审计技术方法、审计组织模式、审计成果五个方面提出完善基于区际治理的长江经济带生态环境保护审计的优化建议,最后提出了基于区际治理的水资源环境审计的保障措施。