清代是我国统一多民族发展和巩固时期,清中央政府采取各种措施巩固国家统一,土司与内地司法一体化建设即其中关键一环。土司地区衙门的司法组织机构及职能与内地衙门的司法机构及职能较为类似。土司是其辖区的最高司法官,对于土民提出的民刑案件有自主判决的权力,由于土司土民司法观念淡薄,司法秩序较为混乱,多不依法审判,加之土司社会中有仇杀习俗,底层土民的司法权利毫无保障。鉴于此,清中央政府把内地司法制度移植到土司地区,积极推动土司地区与内地司法一体化,在土司地区逐渐建立了较为完善的诉讼制度、缉捕制度、审判制度及刑罚制度。使得土民在民事案件与刑事案件上有法律制度可依。其表现为:在起诉方面,起诉者须按照控告程序进行起诉,并要遵循“律例”中的诉讼原则,特殊人群的起诉权受到限制。在缉捕方面,衙门须出具传票,才可传唤或拘捕人证、乡保、人犯等,不可随意拘拿无关人员。缉捕凶犯还须在规定时间内完成。在审判方面,依律例断罪,实行“逐级审转复核”的审判原则,并规定各级衙门的审判责任。在刑罚方面,依“五刑”为准则执行处罚。在处理土司地区的问题上,清中央政府认识到要加强对土司地区的统治必须实行改土归流的政策,于是在土司地区逐渐推广改土归流措施。改土归流的广泛实行为司法一体化建设提供了有利条件,流官在施政的过程中推行汉法,直接对土民产生影响,使得土民法律意识增强,对推行汉法也有有积极作用。同时对土民积极展开儒家礼法和普法教育。在土司地区广泛的建立学校,让他们学习儒家礼法,了解国家法律。在司法实践中,融入儒家伦理观念,以儒家礼法原则进行量刑审判,使得儒家思想的土司地区产生重要影响。这措施使得“国法”对土司社会产生重要影响,对土民而言,保障了其司法权利。对土司而言,限制了司法权力,增加了司法责任。对国家而言,加强了对土司地区的控制,有利国家法律趋于统一。但也存在许多不足之处,如保留了土司和原有的习惯法。