病毒是地球上最丰富的物种之一,很多病毒严重威胁着人类和动物的安全,近年来,新发、突发病毒性传染病陆续出现,鉴于其高度的不可知性,突发性,传播迅速,病死率高,危害大的特点,极易引起群体性恐慌和影响社会稳定。近年来兴起的病毒宏基因组学(viral metagenomics)不依赖传统的病毒分离,它突破了传统病毒学研究方法的局限,直接针对环境中所有的病毒核酸进行研究,能够快速的鉴定出环境中病毒群落组成,成为一种发现新病毒,监控病毒变异的有力手段。虎作为大型肉食动物,位于食物链的顶端,各种病毒包括犬瘟热病毒,猫细小病毒,犬副流感病毒,猫杯状病毒,犬腺病毒,甚至禽流感病毒都已经在虎体内发现,这些病毒不仅威胁着虎的生存,而且有些还威胁着人类的健康,尤其现代社会,人类与虎的接触机会越来越多,对虎病毒性疾病的研究变得很有必要,而目前还未有虎源消化道病毒群落系统研究的报道。本研究应用病毒宏基因组学技术,对东北虎源消化道病毒进行探究。首先,随机收集东北虎粪便样品,对粪便进行PBS稀释,通过高速离心的方法去除无关杂质成分,通过超速离心方法对病毒粒子浓缩,然后用核酸酶消化方法对病毒粒子外核酸进行分解。抽提核酸后应用不依赖序列的单引物扩增方法(SISPA)对病毒核酸进行扩增,对扩增后浓缩纯化产物进行Illumina Hi Seq2000高通量测序,共得到3200,000,000条读长(Reads),并拼接出6766个序列重叠群(Contigs),序列重叠群全长为8,451,561 bp。经过生物信息学分析后,其中涵盖病毒序列主要对应到:猫细小病毒、猫杯状病毒、犬细小病毒、猪博卡病毒、哺乳动物呼肠孤病毒、蓝舌病病毒、流感病毒、貂肠炎病毒、鸡传染性贫血病毒等。本研究分离得到一株猫细小病毒HRB T2014和一株猫杯状病毒TFHLJ-8,对宏基因组测序结果进行了验证。对HRB T2014的VP2基因序列同源性分析表明,其与下载的参考毒株的相似性为98.1%~99.9%之间,相似性最高的是国内虎源猫细小病毒FJ405225株和HT-374株,相似性最低的是犬细小病毒cpv-nj01-06株,系统进化树分析中,HRB T2014处于虎源猫细小病毒分支,HRB-T2014株全基因序列分析表明,其与参考毒株的相似性在98.6%-99.3%之间。对TFHLJ-8全基因序列分析表明,其与其他参考毒株的相似性在76.3%-92%之间,相似性最高的为URB株,相似性最低的为GD株。本研究对东北虎消化道源病毒进行了病毒宏基因组学分析,测序结果得到了猫细小病毒,猫杯状病毒、犬细小病毒、蓝舌病病毒,哺乳动物呼肠孤病毒,流感病毒等病毒序列;并对猫细小病毒和猫杯状病毒成功进行了验证;分离得到了一株猫细小病毒HRB T2014,分析表明此细小病毒有可能是犬细小病毒和猫细小病毒的重组株,同时分离到一株猫杯状病毒TFHLJ-8。