并购是企业迅速扩张发展的有效手段，横向或者纵向并购是改善企业公司治理结构比较有效的方法，横向并购是为了实现企业规模经济效益；纵向并购是为了实现不同资源的整合，获得核心竞争力。同时，在公司并购的过程中，股权结构会因为再分配而发生变化，进而控制权会发生转移，或者大股东的地位会被替换，从而达到并购方获得目标公司控制权的目的。本文首先就并购中的股权结构及控制权相关问题进行了研究，并对公司法、证券法和上市公司管理办法中关于并购中的股权结构及控制权的规定进行法律解读并提出了完善法律法规的对策建议，其次就股权结构及控制权分别对并购所产生的影响进行分析，同时通过阿里巴巴并购雅虎中国的及控制权相争的案例分析，得到并购启示与经验，并提出设计合理股权结构的要点，最后借此提出优化并购的股权结构的对策建议，使得并购双方能够在并购时维护自己的权益，使得并购达到1+1>2的效应。