锌指核酸酶介导的基因打靶阳性细胞脱靶位点分析

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ZFN通过在基因组特异位点介导双链断裂DNA (DSBs)从而在活细胞中产生基因编辑。然而可以证明ZFN的全基因组特异性的方法仍然较少。本文将在DNA双链断裂处通过非同源末端连接捕获整合酶缺失慢病毒载体以标记这些瞬时事件,对全基因组整合位点分析细胞内打靶CSN2的ZFN对的切割活力。DSBs通过NHEJ修复,这将经常在封口断裂位点引入插入或者缺失突变;或者通过HDR修复,忠诚的通过从姐妹染色体拷贝来修补最初的序列。DSBs在活细胞中能够迅速的完美的解决,不留下任何痕迹和突变来指示暂时的DSB的存在。在这里我们解决这个挑战通过运用整合酶缺失慢病毒载体IDLVs。我们假定线性双股IDLVs在转导细胞核中能够通过NHEJ连接到DSB末端,这样暂时性的难以监测到的DSBs得以稳定的捕获。这样只需要监测IDLV的整合状况,就能够反映ZFN是否对基因组特异性位点切割。木实验主要实验内容和结果有:1构建通过NHEJ修复DSB的具有neo (新霉素)抗性的整合酶缺失慢病毒载体。2用构建的慢病毒载体扩增出能够用于侵染牛胎儿成纤维的病毒,电转ZFN,同时孵育病毒,让ZFN和IDLV同时作用于细胞,另一个对照只用IDLV孵育,一份筛选单克隆,一份稳定转染后过流式,流式结果显示,当ZFN同IDLV同时作用于细胞时,其转染效率3倍于IDLV单独作用,说明正是ZFN介导产生的DSB被IDLV捕获了。3单克隆细胞提取基因组进行脱靶位点分析。木实验通过LAMPCR方法共检测到60个脱靶位点,其中8个位点成簇出现,被定义为脱靶热点。4对打靶的阳性细胞克隆进行脱靶位点分析。我们对适合做核移植的16个打靶阳性细胞克隆分别提基因组,针对8个脱靶热点设计引物,通过PCR方法扩增脱靶热点的基因序列。结果显示,只有一个细胞克隆发生随机整合插入,其他细胞克隆均无随机整合或点突变,适合做核移植生产转基因动物。
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