在全球化和知识经济纵深推进的时代背景下，国家之间、区域之间的竞争趋向白热化。大部分国家和地区为了提升综合国力，纷纷践行自主创新能力的提高和国家创新系统的建设。2006年，我国正式提出全面推进中国特色国家创新系统建设，并力争于2020年建成创新型国家、成为引领世界的“创新经济体”。作为公共战略性投资，政府科技投入对自主创新能力的提升和科学技术的发展有直接推动作用，也对国家和地区经济及社会的发展影响显著。　　重庆作为中国最年轻的直辖市以及长江上游和西南地区的经济中心之一，其在国家创新系统建设中的重要战略地位不言而喻。2006年，重庆市委、市政府发布《重庆市中长期科学和技术发展规划纲要(2006-2020年)》，明确了重庆科学技术发展的重要任务，即促进经济发展方式从过度依赖资源向依靠科技创新过渡。2007年，胡锦涛总书记为重庆做出了“314”总体部署，即建成长江上游的经济中心、西部地区的重要增长极和统筹城乡发展的直辖市。目前，重庆正着力于实施“科教兴渝”支撑战略，并明确了建成“长江上游科技创新中心和科研成果产业化基地”的战略方针。未来一段时期内，持续地加大和完善政府科技投入不仅是重庆重要的科技政策调整方向，也是贯彻“314”总体部署的关键举措。　　基于上述分析，本文在研究区域创新系统理论、新经济增长理论等理论的基础上，采用重庆市1997-2011年间具体、详尽的相关数据，从知识创新子系统、技术创新子系统、创新服务子系统和创新环境子系统四个维度对重庆市区域创新系统运行现状进行研究；从总量、结构、增长状况三方面对重庆市政府科技投入现状进行了梳理；依据四个子系统中创新行为主体与政府科技投入的互动机制和影响机制，着重研究了重庆市政府科技投入在区域创新系统中的作用机理；从政府科技投入和区域创新产出两个维度构建包含9个要素的政府科技投入创新绩效评价指标体系，运用灰色关联分析方法和DPS数据处理系统(7.05)对相关指标进行量化分析和计算，并结合量化分析结果对重庆市政府科技投入区域创新绩效进行科学、系统地评价；结合重庆市政府科技投入作用机理和实证分析结论，针对性地提出完善重庆市政府科技投入、促进区域创新系统建设的政策建议。