短柄草族(Brachypodieae)有短柄草(Brachypodium sylvaticum)和二穗短柄草(Brachypodium distachyum)两种模式植物,具有重要科研价值,与雀麦族(Bromeae)和小麦族(Triticeae)的系统位置关系尚不明确。据此,本研究运用最大似然法(Maximum Likelihood)、最大简约法(Maximum parsimony)和贝叶斯推断法(Bayesian inference)三种理论方法对叶绿体基因片段psbA-trnH、核糖体基因转录间隔区ITS、单拷贝核基因片段DMC1以及psbA-trnH+nrITS+DMC1联合序列数据进行分析,用以探究短柄草族、雀麦族和小麦族三者的系统学位置关系。研究结果表明,在DMC1、nrITS以及联合基因序列构建的系统进化树中,短柄草族、雀麦族、小麦族各自聚为一支,且具有较高的支持率;在叶绿体基因psbA-trnH构建的系统进化树中,短柄草族聚为一支,雀麦族镶嵌在小麦族中,提示小麦族、雀麦族之间发生了多种进化情况。利用BEAST和RASP对psbA-trnH+nr ITS+DMC1联合序列分析,结果表明:小麦族起源于西北地区,物种形成时间多集中在13-7 Ma,与青藏高原中新世中晚期(13-7 Ma)的隆起一致;短柄草族起源于西南地区,物种形成时间多集中在3 Ma之后,这与东亚季风的加强和青藏高原上新世以来的剧烈抬升时间一致,草地短柄草(Brachypodium pratense)也是在该时间段分化形成。研究发现,短柄草族植物在我国的分布是与我国山脉走向密切相关的,主要分布在横断山脉和长江流域。东西走向秦岭山脉和华南地区的南北走向的山脉限制了短柄草族植物的进一步扩张。草地短柄草是中国特有种,而GBIF、The Plant List认为它是短柄草的局部变体,作为异名处理。本研究结果显示采自三个不同地区的短柄草聚为一支,三个不同地区的草地短柄草聚为一支,支持草地短柄草的成立。同时,通过实地查看标本馆标本和浏览网上公布的高清标本照片,发现草地短柄草特有的穗柄大于2mm是其他短柄草属植物所不具备的。