塔里木裂腹鱼(Schizothorax biddulphi)是仅存在于新疆塔里木河水系的特有鱼类,由于种群数目急剧下降,目前已处于濒危状态。鉴于此,掌握塔里木裂腹鱼的群体遗传结构、亲缘关系、历史动态和遗传多样性等方面的特征就很有必要。本实验选用车尔臣河、克孜勒河和阿克苏河3个塔里木裂腹鱼群体作为研究对象,运用SSR标记以及线粒体DNA的COII和ND4基因序列对塔里木裂腹鱼进行遗传多样性分析,为合理开发和利用塔里木裂腹鱼遗传资源以及建立和保护其种质资源提供一定的科学依据。主要研究结果如下:1塔里木裂腹鱼基因组微卫星特征及SSR标记的开发通过MISA软件对塔里木裂腹鱼基因组中的微卫星重复序列进行搜索,在558,993个Unigene中共检测到743,118条微卫星序列,主要有单、二、三、四、五和六核苷酸重复的微卫星类型。在微卫星的序列中,序列数目最多的是二核苷酸重复单元,达到总数的42.74%,其次为单核苷酸重复单元(39.07%),五、六核苷酸重复类型的SSR含量较少,仅占0.92%和0.24%。在二核苷酸重复中,以AC/TG含量最多,占30.02%,此外,塔里木裂腹鱼微卫星核苷酸重复类型的重复次数以单核苷酸为主,平均达55.16次,其次为五核苷酸重复,而重复次数最少是三核苷酸。同时发现,随着重复次数的增加,该类型SSR的丰度呈现出逐渐递减的趋势。本研究利用基因组信息的方法开发塔里木裂腹鱼微卫星标记,共设计了288对引物,最终成功筛选出20对具有较高多态性的引物。在8个塔里木裂腹鱼样品中共检测出204个等位基因,平均每对引物检测到10.2个等位基因。各位点有效等位基因数分布在1.012~1.365之间,平均有效等位基因数为1.150;期望杂合度主要分布在0.012~0.223,平均期望杂合度为0.104;平均每个位点的香农指数为0.179,表明所筛选的20对微卫星位点具有一定的多态性,符合群体遗传学方面的研究要求。2基于SSR标记的塔里木裂腹鱼群体遗传多样性分析利用SSR分子标记研究了塔里木裂腹鱼3个群体的遗传多样性。结果表明,3个群体共扩增得到380个等位基因,且车尔臣河群体具有最高的Nei’s基因多样性和香农指数,分别为0.1136和0.1936,而在克孜勒河群体中具有最高的有效等位基因数。3个群体之间的遗传分化系数和遗传距离均显示,车尔臣河群体与阿克苏河以及克孜勒河2个群体之间产生了较大的遗传分化,且基因交流和遗传相似性均较小,而阿克苏河群体和克孜勒河群体间的基因交流和遗传相似度都比较大。运用UPGMA法对塔里木裂腹鱼个体和群体分别进行聚类分析,结果显示,3个群体形成了2个主要的分支,阿克苏河群体与克孜勒河群体聚为一支,车尔臣河群体单独聚为一支。Structure分析结果也进一步证实了3个群体中存在2个基因库,即车尔臣河群体的基因组成以及其它两个群体的基因组成。3基于线粒体DNA的COII、ND4基因序列的塔里木裂腹鱼群体的遗传多样性分析采用mtDNA COII和ND4基因序列分析了塔里木裂腹鱼3个群体的遗传多样性。结果显示,塔里木裂腹鱼线粒体DNA的COII和ND4基因序列均表现出明显的碱基偏向性,且表明A+T含量较高或许也是鱼类mtDNA COII基因和ND4基因碱基组成中普遍出现的情况。且基于两种线粒体分子标记的遗传多样性结果显示,塔里木裂腹鱼均属于高单倍型多态性和高核苷酸多态性(Hd>0.5,π>0.005),推测塔里木裂腹鱼不同分化的谱系间出现了二次交流。车尔臣河群体与阿克苏河以及克孜勒河群体之间产生了较大的遗传分化,且群体间的遗传距离达到了亚种分化水平(0.02<D<0.2),AMOVA分析结果均显示塔里木裂腹鱼种群间的遗传变异远大于种群内的遗传变异,且遗传距离NJ聚类树显示车尔臣河群体独立于其它两个群体,单独聚为一支。同时,贝叶斯(BI)树、最大似然(ML)树和最大简约(MP)树也均显示3个塔里木裂腹鱼群体形成了2个明显的类群,一类主要由车尔臣河群体组成,另一类主要由克孜勒河和阿克苏河群体组成。以上均表明了塔里木裂腹鱼已经形成了2个明显分化的地理种群,故建议将车尔臣河群体视为塔里木裂腹鱼的亚种。