农村是连接人与自然的主要纽带，农村地区是人类生存和发展的重要根基，农村生态系统可持续发展是中华民族繁衍发展的根本所在。本文分四个部分对农村生态系可持续发展进行了研究。　　 第一部分研究了农村生态系统的概念和理论。阐述农村生态系统与可持续发展、循环经济和科学发展观之间的关系。三者是农村生态系统可持续发展的理论基础，农村生态系统与三者相互联系相互影响，有各自的理论和实践，但是又具有统一性，把握好他们之间复杂的关系将为今后农村生态环境建设提供方向。由农村生态系统的复杂性，提出了农村生态系统的复杂巨系统结构，剖析农村生态系统的结构和组成，揭示其独特的结构与功能，表征各子系统的相互关系，为农村生态系统可持续发展的模式和途径提供依据，为定量分析提供理论基础。　　 第二部分提出了农村生态系统承载力水平研究方法。将“生态足迹”模型应用于研究农村生态环境质量，为核算农村自然资源的利用状况及度量农村生态承载力提供了具体方法，并实例研究了江苏省某地农村生态环境质量状况。构建了农村环境污染对经济增长影响的动态模型，分析平衡增长路径和农村环境污染排放量之间的关系。　　 第三部分从改善土壤环境质量、防控农业面源污染、加强农村生活污染控制、提高农村水环境质量、严控农村养殖业污染、调整农村工业结构和布局以及建设农村良好人居环境等七个方面，对现有农村生态系统现状和存在问题进行分析，提出了可持续发展的一系列模式，构筑了农村生态系统实施可持续发展的战略体系。对我国城乡统筹模式进行总结，建立了城乡统筹的优化模型，提出了现阶段实现农村生态系统可持续发展的基本途径。　　 第四部分构建了农村生态系统可持续发展评价指标体系、评价标准及评价模型；将层次分析法和模糊综合评价法结合起来，开发了一个多指标评价模型，设计了一个综合评价指数的分级标准。以江苏六个县（市）为例进行实证研究，表明评价模型的可行性和实用价值。从系统论的角度，提出农村生态系统的耗散结构，实例计算江苏省1990-2006年的农村生态系统熵变，并分析熵值计算结果，与江苏省农村生态系统的稳定程度及发展趋势具有一致性。