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原料乳冷藏过程中由于微生物的生长代谢会导致其腐败变质。本文采用乳成分快速分析仪对原料乳冷藏过程中主要理化指标进行检测,采用稀释平板法对主要微生物指标进行检测,分析其质量变化规律。通过比较Illumina MiSeq和IonS5TMXL两个二代测序平台对原料乳微生物多样性的分析,选择较优的Illumina MiSeq测序平台对4℃冷藏,间隔6天的原料乳微生物群落结构和演替规律进行了研究。得到如下结果:(1)全年,个体牛乳的主要理化指标和微生物指标均低于相应月份乳罐原料乳的指标。冷藏一天内,原料乳的主要理化及微生物指标无明显变化。冷藏第二天,嗜冷菌数增长迅速,脂肪和蛋白质快速降低,且差异性显著(p<0.05)。冷藏第三天起,细菌总数、乳酸菌数和嗜冷菌数大幅增加,且差异性显著(p<0.05),乳糖、脂肪和蛋白质含量以及pH值降低趋势明显,且差异性显著(p<0.05),并持续至冷藏第六天。(2)Illumina MiSeq测序平台与IonS5TMXL测序平台的预处理及质控结果均可满足实验需求;Illumina MiSeq测序平台在不同分类水平上的OTU数、物种丰度等级曲线和稀释曲线的重复性及门、属水平相对丰度重复性方面,检测结果优于IonS5TMXL平台。(3)选用Illumina MiSeq测序平台对4℃冷藏过程中原料乳微生物的多样性进行研究。门水平上,4℃冷藏过程中,前五天,变形菌门(Proteobacteria)为第一优势菌门,平均占已检测出细菌门的73.0%,冷藏第六天,厚壁菌门(Firmicutes)逐渐变为第一优势菌门,占已检测出细菌门的54.3%,变形菌门降低为第二大优势菌门,占38.3%。拟杆菌门(Bacteroidetes)的占比量由起初的3.3%增加至第三天的30.7%,后减少至第六天的7.5%。属水平上,原料乳共检测出439个属,个体牛乳的细菌菌属多样性水平远高于乳罐原料乳。起初,个体牛乳中的主要菌属为苍白杆菌属(Ochrobactrum22.3%),嗜甲基菌属(Methylophilus 14.4%),不动杆菌属(Acinetobacter 6.2%),栖热菌属(Thermus 3.8%),未培养古菌属(Uncultured archaeon 3.7%),代尔夫特菌属(Delfitia 3.3%),黄杆菌属(Flavobacterium 2.8%),假单胞杆菌属(Pseudomonas 2.2%)以及 41.3%占比量较小的其他菌属。乳罐原料乳中的主要菌属为不动杆菌属(Acinetobacter 81.3%)和假单胞杆菌属(3.1%)。冷藏过程中,前五天,不动杆菌属为优势菌属,平均占已检测出细菌属的66.8%。第六天,乳球菌属(Lactococcus)逐渐变为优势菌属,占比量为53.0%,不动杆菌属下降至35.9%;黄杆菌属(Flavobacterium)的由起初的1.1%增加至第三天的30.0%后逐渐减少至第六天的7.5%;假单胞杆菌属由起初的3.1%增加至第二天的9.0%并减少至最终的0.3%。