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目的：探讨两岸不同的管理体系对口岸卫生检疫的影响及如何提高两岸的通关便利化.方法：对两岸卫生检疫的管理部门、管理机制、法律法规、传染病分类等方面的差异及产生的影响进行分析.结果：两岸不同的管理体系对两岸通关便利化造成了影响.结论：两岸相关部门可通过研究现有法律法规,通过简化检疫程序、互通信息、相互认可业务证书等举措提高口岸卫生检疫效率,提高通关速度.