本文对农业合作与海峡经济区域发展问题进行了探讨。两岸农业合作与发展是海峡经济区域发展不可或缺的部分。由于特殊的区位优势，闽台农业合作一直在两岸农业合作与区域经济发展中发挥重要作用。闽台农业发展阶段与资源禀赋的差别性，闽台农业资源配置效率的差异与资源优势的互补性，闽台农产品市场的竞争性，以及闽台农业自然生态环境的相似性，构筑了闽台农业的依存性，决定了闽台农业合作能优化资源配置，创新区域农业竞争力。闽台农业合作是区域经济发展的必然趋势。资源要素的直接流动与整合是闽台农业合作的最主要形式。闽台农业合作能取得双赢的成效已是不争的事实，然而，深化闽台农业合作还有待于制度的进一步创新，以政策创新促进闽台农业合作中资源整合的市场化运作，是深化闽台农业合作的关键，与此同时，政府的服务创新也十分重要。