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方剂效应物质基础研究是中医药研究领域关键科学问题之一,是制约中医药现代化的重要瓶颈。在对方剂复杂效应物质研究现状回顾的基础上,针对方剂研究的复杂性和整体性特点,提出以系统论思想与复杂性科学理论为指导、以系统生物学、生物信息学研究方法和手段为支撑,试图为方剂研究提供新的研究途径;并以实例剖析方剂复杂效应物质-生物效应-配伍规律以及方-证-病相关性研究模式,为阐明方剂科学内涵提供参考。