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采用ISSR标记检测技术，研究了扁穗牛鞭草一个自然居群的克隆多样性与克隆结构。结果表明，在由46个单株组成的扁穗牛鞭草自然居群中，总基株数G=28；平均克隆大小Nc=1.64：不同基因型比率PD=0.6087：克隆的基因型多样性Simpson指数D=0.9643，克隆多样性水平较高。克隆结构分析表明，这个扁穗牛鞭草居群内克隆之间有一定的镶嵌，这可能与扁穗牛鞭草过渡型的克隆构型有关。研究中扁穗牛鞭的克隆构型有游击型、密集型以及这两者之间的过渡类型。