生物有机肥是有益微生物与有机肥结合形成新型肥料，但目前关于生物有机肥对土壤微生物群落功能和结构的影响尚不清楚。本实验利用小麦秸秆和猪粪堆肥产物，通过添加微生物肥料菌株(西北农林科技大学提供)进行二次发酵，制备了生物有机肥。在陕西省洛川县苹果园进行了田间试验，试验处理为：不施肥(NF)，施常规有机肥(OF)，施生物有机肥(BOF)，施化肥(CF)，测定了不同施肥处理对土壤微生物群落功能结构和多样性的影响。结果表明，施有机肥处理(OF和BOF)显著促进了土壤微生物整体代谢活性，但对土壤微生物群落功能多样性和均匀度未造成显著影响。施化肥未对土壤微生物代谢活性造成显著影响，但施化肥处理显著抑制了土壤微生物群落功能多样性。主成分分析表明，相比施用有机肥(OF和BOF)，施化肥对于土壤微生物群落功能的影响更明显。六大类碳源指纹代谢图谱表明，施生物有机肥促进了微生物对糖类和多胺类碳源的利用能力，但降低了对氨基酸类碳源的利用能力。本实验结果表明，施生物有机肥与施常规有机肥对土壤微生物群落功能功能和结构的影响类似，说明相比生物有机肥中的接种微生物，有机物料是影响土壤微生物群落功能和结构的主要因子。