渔业资源科学调查常用于收集高质量的生物学和生态学数据以进行渔业资源评估与管理。渔业资源调查设计优化十分必要，其有助于在经济有效的采样努力量下提高调查估计量的精度。对于估计单鱼种资源量指数、类群资源量指数和物种多样性指数为主的多目标渔业资源调查采样设计，本研究应用计算机模拟方法评价和优化了分层随机采样设计的分层方案和采样努力量。在不同月份，对于不同调查目标，分别比较了不同分层方案设计的表现。对于大多数指标，与简单随机采样设计相比，分层方案设计可以提高调查估计量的精度，目前采用的分层随机采样设计表现最好。通过分层方案设计可以补偿由于采样努力量降低造成的估计量精度的下降。对于大多数指标，在保证较高调查目标估计精度和准确度的前提下，可以降低采样努力量，这有助于降低调查成本、减轻调查拖网对于种群数量较低鱼种的不利影响。本研究表明对于不同的调查目标，最优化的分层方案设计不同。调查后分析有助于改善渔业资源调查的分层方案设计。