【摘 要】
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目的:克隆长爪沙鼠载脂蛋白E基因(ApoE)的内含子，并对前期克隆到的该基因的编码区进行序列分析与结构初步预测。方法:根据Genbank中的相关序列，在前期获得的编码区序列的基础上对基因组进行套式扩增，获得了ApoE基因编码区全长，然后通过对编码区序列进行碱基分析比对后获得2个内含子。同时用RNA Structure5.1软件对该基因mRNA二级结构进行预测。结果:长爪沙鼠载脂蛋白ApoE基因包含
【机 构】
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浙江省医学科学院,杭州,31001 浙江大学动物科学学院,杭州,310029
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目的:克隆长爪沙鼠载脂蛋白E基因(ApoE)的内含子，并对前期克隆到的该基因的编码区进行序列分析与结构初步预测。
方法:根据Genbank中的相关序列，在前期获得的编码区序列的基础上对基因组进行套式扩增，获得了ApoE基因编码区全长，然后通过对编码区序列进行碱基分析比对后获得2个内含子。同时用RNA Structure5.1软件对该基因mRNA二级结构进行预测。
结果:长爪沙鼠载脂蛋白ApoE基因包含两个内含子，长度分别为521bp和421bp，经blsat比较发现测序的结果与大鼠ApoE基因(编号为J02582.1)的编码区内含子的同源性达到了80.9％、76.8％，与小鼠ApoE基因(编号为NC 000073.5)的编码区内含子同源性达77.0％、75.1％，与人ApoE基因(NC_000019.9)的同源性达到了48.2％、46.5％，已作为前面所获eds区的补充向genbank提交，登录号为HM366607。mRNA分析表明5’不译区为65bp，3’不译区为119bp，ORF为951bp，茎552bp，环501bp，自由能为-531.0。
结论:根据比较基因组学原理，用套式PCR可以得到长爪沙鼠载脂蛋白E基因编码区的内含子序列，本研究为筛选长爪沙鼠高脂血症模型的遗传多样性标记打下基础。
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