采用RAPD和ISSR 2种分子标记对珍稀物种长叶红砂5个种群的遗传多样性进行了检测.18个RAPD引物和14个ISSR引物分别扩增出118和114个位点,多态位点比率(P)分别为88.98％和89.47％.在物种水平上,RAPD标记的结果为:Shannon’s信息多样性指数(Ⅰ)为0.4656,Nei’s指数(H)为0.3303;ISSR检测的结果:I=0.4688,H=0.3083.2种分子标记均表明珍稀植物长叶红砂具有较高的遗传多样性水平.Nei基因多样性指数表明,大部分遗传变异存在于种群内.RAPD分析发现86.22％的遗传变异发生在种群内;ISSR分析发现89.29％的遗传变异发生在种群内.种群间遗传变异低的主要原因是种群间存在较强的基因流(Nm分别为3.0097和4.1787).长叶红砂较高的遗传多样性水平与物种特性和对高胁迫环境的长期适应有关,珍稀濒危植物并不一定表现为遗传变异水平的降低。