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罗氏沼虾(Macrobrachium rosenbergii)是我国三大淡水虾养殖品种之一,目前罗氏沼虾出现性成熟提前,生长速度缓慢,抗病能力下降等现象,其中开展针对罗氏沼虾抗病相关研究,对该动物的保护与开发利用具有十分重要的意义。本研究利用第2代深度测序技术对感染螺原体前后的罗氏沼虾肝胰腺进行转录组测序和数字基因表达谱分析,比较罗氏沼虾感染螺原体前后的转录组与数字基因表达谱的异同,进而发掘与罗氏沼虾螺原体病抗性相关的生物学通路和免疫相关基因以及调控元件。测序得到螺原体感染的罗氏沼虾肝胰腺转录组实验组数据6.12G,对照组数据5.31G,组装得到高质量有效unigene(>200bp)33450条,长度主要分布在200-600bp之间,用Unigene与5个数据库比对并进行功能注释,与NR比对注释上30.48%,Swiss-Prot注释上22.56%,KEGG注释上17.96%,KOG为22.96%和GO是20.62%。对得到的基因功能分类,Gene Ontology注释显示基因主要聚集在DNA依赖的转录,控制转录的生物学途径,基因产物位于细胞核与细胞膜等,具有与ATP、DNA和金属离子等结合的分子功能,KEGG分类注释可以看出这些基因与免疫通路、疾病病理息息相关。使用GENScan对基因的CDS预测得到11986条编码序列,占全部基因的35.83%。对实验组与对照组基因表达情况分析实验组检测出33402个基因表达,对照组有27703条,共25605条unigene表达有差异,其中差异表达显著的有9262条,表达上调的有7369条,表达下调的有1893条,同时并对这些差异基因进行表达水平聚类、GO富集性分析和KEGG富集性分析研究其与螺原体感染机体固有免疫防御的关系。同时分析挖掘出与罗氏沼虾螺原体病抗性相关的重要基因及生物学通路,这些研究有助于推进罗氏沼虾抗螺原体入侵免疫应答分子机制的研究,为制定合理有效的螺原体罗氏沼虾病防控措施以及罗氏沼虾养殖业的可持续健康发展提供分子基础依据。