平菇是深受消费者喜爱的大宗食用菌种类之一,菌盖颜色是影响消费者购买意愿的重要因素,因此菌盖颜色性状成为平菇遗传研究和育种的重要目标。本研究以佛罗里达侧耳(Pleurotus floridanus Singer)为对象,利用2b-RAD(2b-Restriction Site Associated DNA)简化基因组测序技术对菌株CCMSSC 00406单核担孢子分离群体进行SNP标记开发,构建高密度遗传连锁图谱。利用区间作图法(Interval Mapping, IM)和复合区间作图法(Composite Interval Mapping, CIM)在测交群体中定位到6个与菌盖颜色性状相关的QTL位点,分别位于第3、4、5、7和9号连锁群,合计变异贡献率为64%。主效QTL位于第4、5和9三条连锁群,对菌盖颜色的变异贡献率均大于10%。在此基础上,以双孢蘑菇Agaricus bisporus (J.E. Lange)Imbach黑色素合成基因等信息为参考,进行候选基因预测并分析其在不同颜色菌盖表皮及在同一菌株的不同发育阶段(菌丝期、幼菇期、成熟期、衰老期)的表达特征,结果表明多酚氧化酶基因、4-香豆酸辅酶A连接酶基因等5个候选基因在深色菌株中表达量均显著高于白色菌株,另外,5个候选基因的表达量在四个不同发育阶段呈现一致的变化趋势且在菌盖颜色最深的幼菇期表达量最高。推测多酚氧化酶基因等5个候选基因可能参与了佛罗里达侧耳菌盖颜色的形成。本研究构建了高密度佛罗里达侧耳遗传连锁图谱,并对菌盖颜色性状进行了QTL定位。为基因组组装提供参考依据,并为基因精细定位、农艺性状解析进而开展定向育种奠定分子基础。