黄籽是油菜品质育种的重要指示性状,与普通黑籽油菜相比,黄籽油菜具有含油量和蛋白含量高,纤维素和色素含量低等优点。不同油菜粒色的差异在于种皮色素含量和种类的不同,种皮色素包括原花色素、花色素、黑色素、类胡萝卜素等,主要为类黄酮代谢途径的产物。利用不同遗传背景的白菜型油菜和甘蓝型油菜黄、黑籽材料,对不同发育时期的种子(3WAF,4WAF,5WAF,6WAF,7WAF,8WAF,WAF:weeks after flowering)中类黄酮组分进行提取和LC-MS(液相色谱一质谱联用)分析,并对类黄酮途径关键基因进行了表达分析。通过比对公共数据库和前人研究结果,在甘蓝型油菜和白菜型油菜中共鉴定得到27种类黄酮类物质,其中25种为白菜型油菜和甘蓝型油菜共有的物质,包括不同的山奈酚、异鼠李素和槲皮素的衍生物及原花青素聚合物,其中4种在文献中尚未报道。甘蓝型油菜和白菜型油菜中独有的类黄酮途径产物分别仅1种,表明2种油菜中类黄酮途径的主要代谢产物无明显差异,类黄酮途径代谢通路的差异较小。除若干重要类黄酮代谢组份外,不同品种间不同类黄酮组分的含量存在差异,表明不同材料间的类黄酮途径基因的调控模式有差异。对重要类黄酮途径基因的表达模式分析,证实了在不同材料间,尤其是甘蓝型油菜中,部分类黄酮途径基因的表达模式存在差异。黄籽材料中类黄酮类物质含量显著低于黑籽材料,证实了类黄酮途径与油菜粒色形成的密切关系。但甘蓝型油菜和白菜型油菜中,黄、黑籽油菜间的类黄酮途径基因的表达差异显著性存在不同。在白菜型油菜中,大部分基因表现为极显著差异,但在甘蓝型油菜中差异显著性较低,可能是甘蓝型油菜粒色难以稳定的原因。