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苜蓿种质资源的分子遗传多样性分析对于种质资源的保存和利用具有重要的指导意义。本文利用RAPD标记，对来自甘肃省的16个苜蓿栽培品种(地方品种6个、育成品种5个、培育品系1个)进行了遗传多样性分析，同时选取4个国外引进推广品种作为对照，比较分析RAPD标记在揭示地方品种、育成品种和现代品种的遗传多样性以及进行品种鉴定的可行性。结果表明：1)16个栽培品种间的遗传距离较大，变异范围为0.3397.0.6279：2)苜蓿栽培品种聚类分析表明，品种间亲缘关系与地理分布及其选育背景紧密相关：3)10个RAPD引物中有4个引物分别检测到5个品种的特异性条带，通过对多态性RAPD产物进行克隆、测序和设计特异性引物可用于进一步的品种鉴定工作。