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理想的蛋白质结构预测方法是基于能量极小化的理论计算方法,因为它建立在热力学原理基础之上,而不需要任何已知结构信息。该文着重介绍一些被认为很有前途的。MonteCarlo方法,模拟退火方法、遗传算法、光滑算法、Build-Up过程以及构象空间退火方法,这些方法对其它领域的优化问题同样是适用的。