乙型肝炎病毒引起的慢性感染是肝癌发生的最主要危险因素,当前对HCC早期诊断及治疗已使肝癌治疗取得了明显进步。然而,绝大多数HCC患者是在晚期被诊断出的,总体存活率并不理想。探索与乙型肝炎病毒（HBV）相关肝细胞癌（HCC）发生发展相关的异常甲基化修饰的差异表达基因,并阐明其潜在的分子机制。从公共基因表达数据库（GEO）中下载表达谱芯片GSE121248、GSE107170和DNA甲基化芯片GSE136319,采用R语言筛选HCC组织和癌旁组织间差异表达基因（DEGs）和差异甲基化基因（DMGs）,并绘制可视化火山图。对DEGs基因进行基因本体论（GO）和京都基因和基因组百科全书（KEGG）富集分析,构建蛋白质相互作用网络,并使用Cytoscape软件进行分子复合物检测（MCODE）分析和利用cytoHubba插件筛选关键基因。通过癌症基因组图谱（TCGA）数据库验证关键基因的mRNA表达水平,并采用皮尔逊相关系数来评估关键基因在HCC中甲基化和基因表达之间的关系。使用HPA数据库和Kaplan Meier-plotter数据库对关键基因进行蛋白表达和生存分析验证。从GSE121248和GSE107170数据集中分别筛选出921个和1172个DEGs,其中下调表达基因分别为570个和714个、上调表达基因分别为351个和458个;DNA甲基化芯片GSE136319数据进行差异分析后,有795个基因表达上调,2630个基因表达下调。综合分析差异表达基因和差异甲基化基因,共得到33个低甲基化修饰下表达上调的基因,和158个高甲基化修饰下表达下调的基因。GO富集分析表明,异常甲基化修饰的差异表达基因主要参与羧酸分解代谢过程、有机酸分解代谢过程和血红素结合等过程;KEGG通路主要为化学致癌DNA加合物、补体和凝血系统和PPAR信号通路等。STRING和Cytoscape软件筛选出12个与甲基化表达相关的关键基因,包括FTCD、FGA、KLKB1、C8A、MBL2、FETUB、HRG、CENPE、TTK、AURKA、PRC1、MAD2L1;经临床样本数据验证,FGA、HRG、FOXM1、AURKA、PRC1、MELK、TTK和MAD2L1这8个基因在HBV相关HCC患者中差异表达,且与患者预后不良相关。FTCD、MBL2、HRG、FOXM1、MELK、TTK、AURKA、PRC1和MAD2L1在HBV有关的HCC的发病过程中可能起着重要的作用,有可能作为HBV相关HCC的潜在诊断标志物及治疗靶点。