水生真菌(aquatic fungi)包括淡水真菌(freshwater fungi)、海洋真菌(marine fungi)和咸水真菌(brackish water fungi).水生真菌多样性非常丰富，包括子囊菌门、担子菌门、接合菌门等几乎所有真菌门类的种类.而近期更是在一个池塘的底泥中发现了一个和现有已知真菌门类完全不同的真菌类群-Cryptomycota(Jones et al.2011).水生真菌是水生态系统中极为重要的一个生态类群，是重要的分解者同时也为水体中的多种动物提供食物，是食物链中的重要一环(Jones and Pang 2011).水生真菌能产生多种代谢产物，具有重要的研究意义和广泛的应用前景.我国对水生菌物的研究始于20世纪初，前期以国外学者为主导，发展到后来特别是解放以后，则以我国本土学者为主导，经过一个多世纪的研究，截止2011年我国已经正式报道了水生真菌近千种，其中多数为淡水真菌，占世界已知水生菌物3000种(Shearer et al.2007)的约三分之一.我国报道的水生真菌类群包括子囊菌、担子菌、接合菌、壶菌、卵菌(卵菌目前已经划分到真菌界以外，但是由于是传统真菌学的研究类群，所以本文加入了卵菌类群)等.本研究综述了中国水生真菌近100年的研究概况，分析了水生真菌多样性和生长基物之间的相关性以及水生真菌的地理分布.结果显示，我国水生真菌种类非常丰富，然而其多样性调查相对陆生真菌还非常贫乏.