【摘 要】
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对RT-PCR检测为PLMVd侵染和PLMVd/CGRMV复合侵染的具有不同表型的S01和S02桃树样品进行sRNA高通量测序和microRNA (miRNA)分析,结果表明：通过对2个样品的small RNA测序,共得到58.44 M Clean Reads,各样品不少于15.37 MClean Reads,使用miRDeep2软件,采用贝叶斯模型经打分最终实现了miRNA的鉴定.两个样品共鉴定
【机 构】
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中国农业科学院植物保护研究所,植物病虫害生物学国家重点实验室,北京100193
【出 处】
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中国植物保护学会第十二次全国会员代表大会暨2017年学术年会
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对RT-PCR检测为PLMVd侵染和PLMVd/CGRMV复合侵染的具有不同表型的S01和S02桃树样品进行sRNA高通量测序和microRNA (miRNA)分析,结果表明：通过对2个样品的small RNA测序,共得到58.44 M Clean Reads,各样品不少于15.37 MClean Reads,使用miRDeep2软件,采用贝叶斯模型经打分最终实现了miRNA的鉴定.两个样品共鉴定到456个miRNA,其中已知miRNA 152个,新预测miRNA 304个,生成的成熟miRNA长度主要集中在20～ 24nt,其中预测的已知的miRNA以21 nt为主,新预测的以24 nt为主.定量各样品miRNA的表达丰度,获得了差异表达miRNA筛选：通过S01_vs_S02差异表达分析,筛选到差异表达miRNA 78个,其中上调54个,下调24个.对差异表达的miRNA靶基因的GO分类分析表明,差异表达的miRNA靶基因的富集趋势在分子转导活性和受体活性方面与全部基因富集趋势有较大的不同,可以在后续的研究中重点分析此两功能是否与差异相关.对差异表达的miRNA靶基因的KEGG的注释结果按照KEGG中通路类型进行分类,注释到植物病原互作(Plant-pathogen interaction),硫代谢(Sulfur metabolism),油菜素甾醇生物合成(Brassinosteroid biosynthesis),植物激素信号转导(Plant hormone signal transduction),氨酰-tRNA生物合成(Aminoacyl-tRNAbiosynthesis)五个通路下的基因数各为1个,各占20％.分析结果为PLMVd侵染和PLM-Vd/CGRMV复合侵染的不同表型症状的miRNA调控机制的深入研究提供依据.
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