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使用ProdaMatch匹配算法搜索用于酶设计的蛋白质骨架
使用ProdaMatch匹配算法搜索用于酶设计的蛋白质骨架
来源 :中国化学会第30届学术年会 | 被引量 : 0次 | 上传用户:jjjcccfff
【摘 要】
:
计算酶设计可用于针对没有天然酶催化的化学反应来快速开发新酶。它的一个步骤是将一定的催化活性位点模型匹配到合适的蛋白质骨架中。为提高残基和过渡态安装的准确度,我
【作 者】
:
黄小强
薛靖
林敏
朱玉山
【机 构】
:
清华大学化学工程系,北京市海淀区清华园1号,100084
【出 处】
:
中国化学会第30届学术年会
【发表日期】
:
2016年期
【关键词】
:
匹配算法
搜索
设计
蛋白质
位点模型
活性位点
组合爆炸
问题
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计算酶设计可用于针对没有天然酶催化的化学反应来快速开发新酶。它的一个步骤是将一定的催化活性位点模型匹配到合适的蛋白质骨架中。为提高残基和过渡态安装的准确度,我们提出复杂活性位点模型(图1)。其他匹配算法无法克服多残基匹配的组合爆炸问题,我们基于ProdaMatch来研究此问题。
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