肠球菌属23S rRNA实时荧光定量PCR检测方法的建立和应用研究

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根据GenBank中肠球菌23S rRNA特异性保守序列设计肠球菌属特异性引物与TaqMan探针, 建立了检测肠球菌的实时荧光定量PCR(FQ-PCR)方法。FQ-PCR反应体系的最佳Mg2+和探针工作浓度分别为5 mM/L和0.2μM/L。以建立的FQ-PCR方法检测屎肠球菌呈阳性,检测两歧双歧杆菌、短小芽孢杆菌、保加利亚乳杆菌和大肠杆菌均呈阴性。灵敏性实验表明,该方法可检测到1.04个屎肠球菌的DNA样品。对同一鸭肠道粪便中提取的细菌总DNA进行5次检测出现良好的重复性,其Ct值分别为:34.1、34.5、34.4、34.5、34.2。对21、21、23、24、27、33、42、57日龄健康樱桃谷鸭的十二指肠、空肠、回肠、盲肠和直肠粪便1g及食管与气管全段内容物的检测结果表明均有肠球菌存在,其中盲肠肠球菌含量最多(5.895E+07-6.877E+09),食管的最少(1.672E+05.5.895E+07);且消化道与呼吸道肠球菌数量随着日龄的增加呈波状变化。该技术能够快速、准确、特异地对肠球菌进行定量分析。
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