Rett综合征(Rett syndrome,RTT)是一种严重影响儿童精神运动发育的神经遗传病。目前已知甲基化CpG结合蛋白2基因(methyl-CpG binding protein 2 gene,MECP2)是其主要的致病基因,大约80%的患儿中存在MECP2基因突变。我们应用多重连接探针扩增技术(multiplex ligation-dependentprobe amplification,MLPA)对一例MECP2基因测序突变阴性的患者进行检测,发现其存在杂合缺失。进而通过实时荧光定量PCR及长链PCR进行进一步验证,并确定其具体缺失区域,该患者为MECP2基因c.441-1153del713bp杂合缺失。同时对长链PCR产物琼脂糖电泳的三条条带分别切胶回收,T-A克隆后测序,确定中间杂带为异链二聚体,排除患者为突变嵌合体的可能。该杂合缺失引起MECP2一等位基因终止密码子提前出现,产生的肽链缩短了333个氨基酸,导致转录抑制因子MeCP2两重要功能域,即甲基化CpG结合域(methy1.CpG binding domain,MBD)和转录抑制域(transcription repression domain,TRD)缺陷,影响其功能的发挥,从而产生相应症状。患者父母及弟弟MECP2基因均未发现突变,因此考虑患者突变为新发突变。该病例为Rett综合征的分子诊断提供了相关方法和思路。