本研究分别以新鲜瘤胃液及瘤胃液和颗粒厌氧污泥复配作为接种物，至两套600m1自制秸秆厌氧消化装置中，保持HRT, SRT不变，不断提高上样负荷(LR)从2.5gL-1d-1到12.5gL-1d-1，使两套装置VS(g/L)从分别从77.13、70.31提高至122.2、123.47;以碳代谢作为指标体系，检测纤维素、半纤维、木质素含量变化，液相COD(可溶性糖、VFAs)，产气:pH、酶活性测定，随着VS(g/L)的不断提到，两套体系DM降解率、甲烷产量、液相COD、pH呈现出不同的变化规律。基于16S rDNA进行PCR扩增，对古菌、细菌保守16S rDNA进行PCR扩增后，利用PCR-DGGE进行了菌群结构多样性分析，利用定量PCR技术分析了总菌、真菌、原虫和甲烷菌菌群数量的变化，结果表明，两套体系不同条件下优势菌群组成的不同，瘤胃微生物强化了秸秆厌氧消化产甲烷。进一步工作重点以培养体系菌群为出发菌群，将(青霉素、链霉素)用于去细菌;放线菌酮、制真菌素用于去真菌;氯霉素用于去甲烷菌，利用亨氏厌氧滚管法分离纯化不同组成共培养菌群，进行鉴别和功能验证，在微生物菌群结构、功能基因转录、能量代谢及群体感应信号等多维水平上研究菌群关系的形成机制;并有目的地塑造互利、互养、互营三种菌群关系，通过考察电子传递和群体感应信号在菌群关系形成中的作用，以有效调控共培养菌群的结构和功能，最终强化秸秆消化产甲烷过程。本研究为菌群关系研究提供理论和实践经验，为共培养菌群强化秸秆消化产甲烷新的技术手段和依据。