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由中国科学院计算机网络信息中心、中国科学院植物研究所、中国科学院深圳仙湖植物园“三方两地”共同合作研究建设的陆地植物发育系统系统发育平台(PALPP)意在为科研人员提供数据和分析并举的工作平台，承担数据汇集和面向实际科研工作应用的双重作用。PALPP的应用数据涉及到核酸(DNA、RNA)、蛋白等的相关数据。在数据的整合以及各处理模块输入输出处理中，涉及多种生物信息学数据格式的应用和转换。本文针对陆地植物发育系统系统发育平台(PALPP)涉及的生物信息数据格式和其抽提技术进行研究总结，比较了国际生物信息学数据的主要存取式(GenBank、EMBL和SwissProt、FAST和NBRF、Intelligenetics格式、PIR格式等)和典型生物信息学处理工具的应用格式特点，提出在生物信息学术的抽提方法并进行应用示例。