【摘 要】
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花鲈广泛分布于中国、朝鲜及日本的近岸浅海,是一种广温、广盐的洄游性鱼类,是咸淡水养殖经济鱼类的代表性物种.为促进中国花鲈基础生物学研究,本研究通过第二代高通量测序技术获得花鲈脑、鳃、肝、肾、胃、精巢和卵巢的转录组.7种组织测序获得的原始数据经过拼接得到54,031个Unigene,平均长度为1,174 bp,N50为1.641.在NCBI数据库中经过BLASTX比对分析(E-value 1E-5)
【机 构】
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上海海洋大学, 上海 201306 新加坡国立大学, 新加坡 117543
【出 处】
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第十一届长三角科技论坛水产科技分论坛暨2014年上海市渔业科技论坛
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花鲈广泛分布于中国、朝鲜及日本的近岸浅海,是一种广温、广盐的洄游性鱼类,是咸淡水养殖经济鱼类的代表性物种.为促进中国花鲈基础生物学研究,本研究通过第二代高通量测序技术获得花鲈脑、鳃、肝、肾、胃、精巢和卵巢的转录组.7种组织测序获得的原始数据经过拼接得到54,031个Unigene,平均长度为1,174 bp,N50为1.641.在NCBI数据库中经过BLASTX比对分析(E-value 1E-5),对这些基因全部进行分类.其中最长的基因有23,753 bp,属于nesprin-1-like蛋白家族.有84.93％ 的unigene和Swissprot蛋白质数据库有对应的记录.54,031条unigene中有52,574条经过eggNOG 分为25大类,其中参与Signaltransduction mechanisms的有11,731条,占22.31％,其次是未知功能家族有9,360条,占17.80％.KEGG是给基因提供代谢通路分析的数据库, 有25,483 unigene分为6大类的46个二级代谢通路中.其中,参与“Humandisease”的有7,257个基因,占28.47％,是最大的一类.其次参与metabolism的有4171条,占 16.36％,参与 “Environmental Information Processing” 的有4,015条,占15.75％.7种组织的表达谱之间有明显差异,这反映了组织特定代谢的需要,及组织蛋白翻译和表型的需要.以脑和精巢之间的比较为例,其中有48.80％和16.22％的unigene有显著的差异(fold change > 2).相关结果为花鲈神经内分泌学、代谢组学、生殖生物学研究提供基础.
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