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为了规范现代建筑产业的产学研用协同创新联盟的运行过程，研究了协同创新联盟的运行机制。构建了现代建筑产业产学研用协同创新联盟的运行体系架构。从联盟体的治理组织设计、内部控制流程、约束与监督机制等方面提出了协同创新联盟的治理机制；从联盟体运行的冲突识别与解消、资源共享、信息共享、知识融合与创新、人才互动等方面研究了协同创新联盟的协调与学习机制；构建了现代建筑产业产学研用协同创新联盟的分配与激励机制；研究了现代建筑产业产学研用协同创新联盟动态监管机制。对于提升产学研用协同创新联盟体运行的系统化提供了思路。