高等学校的主体意识是高校内各主体对学校社会地位、存在价值、发展能力、终极追求等相对稳定的、比较一致的认识,使高等学校能够主动地适应外界社会环境并以自身的精神品质对外界环境施加影响.其认知、动机、情感因素直接影响到现代大学制度构建和完善的基础评估、目标体系和形成过程.高职院校缺乏主体意识影响内部管理的表现包括以国家宏观管理文件替代校内管理制度，价值导向与普通本院校趋同，发展指标向示范性高职院校看齐。教育主管部门应给予学校办学自主权，对学校专业设置、人员配备、内部管理等方面不进行具体的管理，将微观的专业、课程、实训基地等项目评估转交给专业教育评估机构，通过整体评估学校人才培养质量间接引导学校的科学发展;办学方应遵循教育规律，聘用专业化的院校领导，为专、兼职教师疏通职业发展通道，凝聚校内各个群体形成统一的、稳定的发展理念。