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生物序列比对是生物信息学领域重要的研究工具，主要用于确定序列的生物属性。由于该领域应用的广泛性、计算的复杂性以及海量数据特征，对计算机性能提出越来越高的高求，迫切需要高性能计算的支持。对基于硬件加速的生物序列比对进行综述，侧重从高性能计算对序列比对领域的影响及挑战的角度，按照比对时所使用的体系结构的区别，对目前基于硬件加速的序列比对方法进行了归类；分别对各类方法作了深入的对比分析并总结出技术难点；最后，经过对现有研究工作的分析，对该领域存在的问题作出了总结，展望了今后的发展方向。