分子设计平台支撑绿色农药先导化合物的发现

来源 :2019中国化学会第十五届全国计算(机)化学学术会议 | 被引量 : 0次 | 上传用户:zxjscsd
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  新颖先导化合物的发现一直是高活性农药小分子开发的瓶颈,传统方法的先导发现效率极低,高通量筛选技术在很大程度上推动了先导化合物的发现,但通过此类方法筛选到的化合物结构新颖性差,往往不具备成药性。围绕"如何创建高效低风险农药分子设计方法"这一个关键科学问题。
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如果药物分子被视为分子机器/器件,药物设计学需要回答下述基本问题:如何将分子划分成子结构单元?从子结构单元如何组装成分子?如何预测/评价分子的活性/性质.为了解决这些问题,在已有的图论算法工作基础上(如分子图识别算法GMA1,分子图簇分析算法SCA2,分子类药指数算法DLI3,原子中心片段方法ACF等),我们发展了一系列新的图论算法:如,从分子库中导出高频子结构的从头计算算法DSGA4、3D分子叠
胰腺癌是一种恶性程度很高,诊断和治疗都很困难的消化道恶性肿瘤,被称为"癌中之王",目前尚缺乏特异性的药物.研究发现,约90%的胰腺癌中KRAS 基因突变频率最高.KRAS 发生突变时会处于"开启"状态,使细胞内信号转导紊乱,细胞增殖失控而发生癌变.
Nuclear receptors(NRs),a family of 48 transcriptional factors,have been studied intensively for their roles in cancer development and progression.Nuclear receptors are important drug target family.In
跨膜蛋白(transmembrane protein)与细胞外配体相互作用在生物过程(如信号转导和运输)中具有重要意义。跨膜蛋白的多功能性使它们成为理想的药物作用靶点。尽管膜蛋白结晶技术取得了巨大进步,目前膜蛋白与配体共结晶结构的数量仍然有限。本研究以典型的跨膜蛋白包括转运蛋白(transporters)和G蛋白偶联受体(GPCRs)为对象,通过设计整合一套计算机模拟的工作流程,针对跨膜蛋白结构构
锌蛋白约占整个PDB数据库中已知蛋白结构的10%。由于锌离子具有多种配位结构(4,5,6),并且其固有的柔性(配位数可变)特征[1],基于经典力场方法往往描述不好锌配位结构[2]。前期我们基于QM/MMForce Matching方法开发了锌蛋白专属的SLEF力场[3,4]。近期我们提出了一种新的对接算法(GM-DockZn),辅以Amber99sb-SLEF2力场做打分函数,显著提高了锌与小分子
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药物分子与靶标蛋白一般都是通过非键相互作用(即非共价作用力:氢键、阳离子-π作用、π-π作用、离子键、卤键等)而发挥药效的,其中氢键是最常见也最重要的一种结合作用。在药物-靶标形成的复合物晶体结构中,可以直观地看到非键相互作用的分布。
1997年正式生效的《关于禁止发展、生产、储存和使用化学武器及销毁此种武器的公约》(简称化学武器公约(CWC)),至今已有22年.CWC制定了严格的宣布与核查措施(包括常规例行视察和质疑性视察),并要求在其生效后全面执行这些措施,该公约为全世界范围内的化学武器管控及销毁做出巨大贡献.
Protein tyrosine phosphatases(PTPs) constitute a large family of signaling enzymes and regulate a broad range of cellular processes including proliferation,differentiation,migration,apoptosis,and immu