为了检测参与自交不亲和反应的蛋白质，我们对完全自交不亲和与自交亲和杏自花授粉后的花柱蛋白质组进行差异分析，结果显示自交不亲和与自交亲和的杂种F1代杏自花授粉后雌蕊在蛋白质水平有差异。自花授粉后，排除个体差异，检测出在自交亲和杏中特异表达蛋白13个，在自交不亲和杏中特异表达蛋白9个；自交亲和与自交不亲和杏相比明显上调的蛋白质4个，明显下调的蛋白质9个；质谱分析鉴定，只有17个点的肽段氨基酸序列在蛋白质库中获得匹配。包括自交亲和杏自花授粉后特异表达的9个蛋白，鲁米诺连接蛋白前体、类似受体激酶蛋白、磷酸核糖焦磷酸激酶、过氧化物酶前体、可逆的糖基化多肽、琥珀酰辅酶A合成酶、类似异黄酮还原酶蛋白、多抗蛋白及一个未知功能蛋白；在自交不亲和杏自花授粉后特异表达的6个蛋白，包括类似60S核糖体蛋白、抗霜霉病蛋白8、肌动蛋白、推定Udp葡萄糖焦磷酸酶、推定丝氨酸/苏氨酸激酶、S-RNA酶；以及自花授粉后自交亲和杏与自交不亲和杏相比表达上调的2个蛋白点，线粒体依赖NAD的苹果酸脱氢酶、可能的延长因子G；表达下调的1个蛋白点，热激反应蛋白。其中点6A检测出两个蛋白质，是个混合蛋白质点。