分子标记(molecular marker)本质上是指能反映生物个体或种群间基因组中某种差异的特异性DNA片段，其优势特点在于：(1)不受组织类别、发育阶段影响。生物的任何组织在任何发育时期均可用于分析；(2)不受环境影响。因为环境只影响基因的表达，而不改变基因的结构；(3)标记数量多，遍及整个基因组；(4)多态性高，自然存在许多等位变异；(5)有许多标记表现为共显性，能够鉴别纯和基因和杂合基因，提供完整的遗传信息；(6)操作简单、快速、易于自动化；(7)提取的DNA 样品，在适宜的条件下可长期保存，对于追溯性或仲裁性鉴定非常有利。在植物系统学研究中有些存疑的问题，用传统的方法较难解决，而分子生物学方法则能独辟蹊径，解决了一直存在争议的金缕梅科、红豆杉科、三尖杉科、罗汉松科及松科等的科属分类难题，为问题的解决提供新的手段。用分子标记法来研究植物学各领域的问题已经成为一种发展趋势，解决了一些经典分类学的难题，并且DNA 分子标记技术与测序技术在中药品质研究中具有广阔的应用前景。