真虾下目Caridea隶属于节肢动物门、甲壳动物亚门、软甲纲、十足目、腹胚亚目。长臂虾科Palaemonidae种类众多,是真虾中经济价值较高的类群,罗氏沼虾Macrobrachium rosenbergii肉质鲜嫩,营养丰富,素有“淡水虾王”之称,是目前世界上养殖量最高的虾类之一；白虾属Exopalaemon也是重要的经济虾类,包括中国沿海的脊尾白虾Exopalamon carincauda和生活于淡水湖泊中的秀丽白虾Exopalaemon modestus等物种。近期,本课题组系统比较了真虾下目线粒体基因组的特征。结果 发现,在20个真虾类线粒体基因组中,15个物种基因的排列顺序与泛甲壳动物线粒体基因组的原始排列(pancrustacean ground pattern)相同,包括沼虾属Macrobrachium的所有物种(4个)、米虾属Caridina的所有物种(2个)、匙指虾科Atyidae的3个物种,Alvinocarididae科的2个物种,Alvinocaris属的全部物种(2个)以及Rimicaris属的全部物种(2个)。与泛甲壳动物线粒体基因组的原始排列相比,长臂虾属的3个物种(葛氏长臂虾Palaemon gravieri、脊尾白虾、黄点玻璃虾Palaemon serenus)、鲜明鼓虾Alpheus distinguendus以及骆驼虾Rhynchocinetes durbanensis均存在不同程度的tRNA基因易位。遗传差异分析显示,在长臂虾线粒体基因组中,差异位点最多的是ND5、ND4和ND2,可作为COX1辅助的分子标记；对于沼虾属,ND5可作为辅助的分子标记；而对于真虾下目,ND5、ND4和ND2可作为辅助的分子标记。当前所完成的真虾类线粒体基因组仍然非常有限,未来该类群更多线粒体基因组特征的揭示及遗传标记基因的研究,将有助于真虾类群遗传的研究和种质资源库的建立。