本研究采用限制性内切酶酶切方法构建了远海梭子蟹两个限制性酶切位点关联DNA测序文库(RAD-seq),文库构建方法为首先使用ECOR Ⅰ分别酶切单个个体基因组和9个个体等量混合基因组,酶切片段采用P1和P2接头连接,获得适合长度的目的DNA,以接头序列设计引物进行PCR扩增,得到两个RAD-seq文库.运用Illumina测序平台对两个RAD-seq文库进行双末端150bp高通量测序,两个文库测序获得的高质量读长碱基总数量分别是1,105,619,971bp和1,162,612,280bp；高质量读长分别为6,311,356个和6,550,846个clean reads；平均高质量读长分别为130.3bp和129.9bp；单个体文库RAD文库测序所得高质量序列被拼接为85,796个contigs,平均长度为339.0bp,N50长度为361bp,序列拼接结果GC含量为40.34％.序列组装结果评价分析表明组装覆盖率为88.46％,每个碱基平均覆盖次数为9.06次,杂合SNP比例为92.63％,组装效果良好.通过MISA软件数据分析获得SSR序列17,983个,其中2碱基重复序列占比为41.47％；运用samtools和varScan软件分析,以单个体文库序列为参考序列,与9个体混合文库序列比对获得潜在SNP位点总数为45,464个,其中转换SNP位点为29,221个,巅换SNP位点16,243个,转换与巅换比为1.8,杂合SNP比例为75.59.研究获得的SSR序列及潜在SNP位点,将为开展大规模多态分子标记开发、群体遗传多样性评价、种群结构、群体地理进化、高密度遗传连锁图谱构建及分子标记辅助育种等研究奠定坚实基础.